Cốt lõi thiết kế của MSX 2016 vẫn giữ nguyên kiểu dáng nhỏ gọn thường thấy, tuy nhiên chi tiết từng bộ phận trên chiếc xe đã được thay đổi, mang đến cảm giác mới lạ. Ở thế hệ này, thân hình của MSX gân guốc hơn.

Kích thước tổng thể của MSX 2016 thay đổi một chút so với thế hệ trước. Chiều dài chiếc xe ở mức 1.755 mm, rộng 728 mm và cao 988 mm. Khoảng sáng gầm xe 153 mm. Chiều cao yên 754 mm. Tất cả đều giảm nhẹ so với phiên bản ra mắt năm 2014. Trong khi đó, trục cơ sở giữ nguyên ở mức 1.200 mm. 

Điểm thay đổi rõ rệt nhất trên MSX 125 mới là việc sử dụng đèn pha LED, thiết kế mới thay cho đèn gương cầu trước đây. Từ đó, kiểu dáng cụm đèn pha cũng được thay đổi, thiết kế gọn hơn, chia làm 2 phần. 

Thiết kế cụm đồng hồ không thay đổi so với phiên bản trước. Hiển thị toàn bộ thông tin bằng màn hình điện tử. 

Một thay đổi rõ rệt khác trên MSX 2016 là ống xả đặt thấp hơn, gần với gắp sau thay vì để dưới yên xe như phiên bản trước. Cả 2 bánh sử dụng lốp không săm, kích thước bánh sau 130 / 70-12 M và sử dụng giảm xóc monoshock. 

MSX 2016 vẫn trang bị phanh đĩa đường kính 220 mm phía trước và 190 mm phía sau. Tuy nhiên, Honda sử dụng kẹp phanh màu đỏ ở phiên bản này thay vì màu vàng đồng như trước . Giảm xóc dạng up-side-down phía trước có đường kính 31 mm. 

Bình xăng xe thiết kế với những đường nét gân guốc, dung tích 5,7 lít. 

MSX 125 2016 vẫn trang bị động cơ  xi-lanh đơn, 124,9 cc, làm mát bằng gió, phun xăng điện tử PGM-FI, công suất 11 mã lực tại 7.000 vòng/phút và mô-men xoắn cực đại 10,9 Nm tại 5.500 vòng/phút. Hộp số 4 cấp.

Tại thị trường Thái Lan, MSX 2016 có giá bán khoảng 1.980 USD, kèm theo 4 màu tùy chọn.